本案中双方争议的一个焦点为申请人未经明示而将被申请人的货物装于甲板是否构成违约的问题。申请人认为，“货装甲板”为航运惯例，并不需要通知被申请人。仲裁庭经调查认为：涉案船舶为container Ro Ro ship，因此设计上船舶的干舷比典型滚装船低，比普通货轮或集装箱船高。对Con Ro Ro的船舶而言，货装甲板但不签发甲板货提单或不在提单上进行批注，并非当然的“航运惯例”，申请人以此为自己可能存在的过错进行抗辩，仲裁庭不能予以支持。 
一、案情与争议
申请人诉称，2009年10月，被申请人与申请人签订运输协议，委托申请人将一批工程车辆、设备和配件等从上海港运送至莫桑比克贝拉港。根据该《运输协议》，被申请人应当根据申请人出具的海运专用发票，于船舶到港前一周将全部运费的90%支付至申请人的指定账户，运费尾款将于货物全部安全卸船完毕后2个工作日内付清。签署运输协议后，申请人依照协议规定将货物装船、运至目的港；并于2009年12月1日和12月3日向被申请人出具了相关的海运费发票。根据海运发票，被申请人应向申请人支付海运费共计USD353,298.21；然而，被申请人未能如约支付相关的运费。为此，申请人向上海分会提出仲裁申请，请求仲裁庭裁决被申请人向申请人支付运费USD353,298.21及相应利息，并承担律师费及仲裁费。
被申请人答辩并提出反请求称，被申请人与申请人签署了上述非甲板海上运输协议后，申请人的船舶直到2009年11月18日才到达上海港，违约晚到港13天，申请人应当向被申请人依约支付船舶延迟到港罚金USD44,661，不仅如此，船东签发舱内装货的大副收据及甲板提单后，却在龙口港将上述货物经倒舱转载在甲板上，令被申请人受骗，更令被申请人向客户违约，因此造成对客户的违约金损失计USD256,416.46，而且被申请人拒绝将提单交至被申请人。2009年12月16日，经被申请人向天津海事法院交付了申请人所主张的全额运费后，该院下达了海事强制令，被申请人才在申请人的上海办事处获取了涉案提单，由此给被申请人造成了额外的费用与损失计人民币5,944元。为此，被申请人请求仲裁庭驳回申请人所有请求，并责令申请人向被申请人赔付货装甲板违约金USD256,416.46，承担被申请人支出的检验费、差旅费等计USD10,982，因拒绝向被申请人签发提单给被申请人造成的损失和费用计人民币5,944元，以及律师费10万元人民币外加相关差旅费等，并请求上述费用直接从被申请人向天津海事法院支付的费用中列支。
二、仲裁庭意见
(一) 关于申请人的运费和利息请求。 
仲裁庭认为，支付运费是法律、协议、提单及航运惯例下形成的托运人的最主要义务，即使发生货损，货损赔偿不能直接抵销运费，这就是航运界形成的“运费神圣”的惯例。其次，被申请人因申请人扣单申请强制令之时，以等额于运费的资金向天津海事法院提供的申请担保也不构成对申请人运费支付的事实和法律认定。为此被申请人应向申请人支付余额运费USD343,549.51。仲裁庭考虑到实际情况认为利息自2009年12月28日起算较为合理。
(二) 关于延期到港罚金。
虽然我国海商法载有“航次租船合同特别规定”如期交付船舶并不是出租人一项严格的责任，本案中被申请人实际也并没有销约，但海商法此节规定为非强制性适用条款，当事人以合同形式明确约定的，应当尊重当事人的选择。如此，被申请人请求裁决申请人向被申请人支付延期到港的罚金，仲裁庭予以支持。　
(三) 关于申请人向被申请人拒绝签发提单事。
仲裁庭认为，虽然申请人考虑自己面临运费不能及时收取的风险，在商业上可以理解，但压单索取运费并不符合善意诚信航运习惯，尤其违反了运输协议中订明的义务，是一种违约行为。对由此造成被申请人通过海事强制令获取提单而额外支出的费用人民币5,944元，申请人