2013年，农产品电子商务交易额井喷的背后，带来的是物流包裹数量的激增。物流量的几何式增长和农产品（尤其是生鲜农产品）物流固有的高难度，成为了整个行业发展的挑战。2013年，各家物流企业和各类农产品专业服务商，加速了在农产品领域的布局和探索，推动着农产品物流的各类创新，这其中包含了物流模式、物流标准和物流载体上的创新，以及品类上的突破。
　　农产品物流模式创新
　　我国电商行业快速发展的十几年中，形成了许多典型的物流配送模式。如自建物流模式（典型如京东商城）、第三方物流模式（典型如淘宝卖家使用的“四通一达”等快递公司）和混合物流模式（典型如美国亚马逊商城，自建了大规模物流中心以掌控上游环节，同时外包配送环节）。
　　2013年5月成立的菜鸟网络，使得第四方物流模式进入了人们的视野，第四方物流公司原则上自己不做实际的操作运营，而是做第三方管理，整合资源和管理资源但对管理结果和服务结果负责。菜鸟网络做的就是这样智能物流网络系统，为众多网商、服务商提供物流解决方案和咨询服务。
　　冷链是农产品电商（尤其是生鲜电商）永远无法回避的问题，不仅仅需要建库房，同时还必须要有冷藏+冷冻的混合配送车辆，冷藏周转箱及恒温设备，以及末端宅配冷藏配送工具，否则再好的商品，送到客户那里都会成问题商品。目前在我国具备食品运输资质和冷链运输的物流企业中，大部分都没有能力去做“最后1公里”的配送，反之也是如此。菜鸟网络通过整合全国冷链物流的模式，集合了冷链公路货运、冷链中转中心、城市冷链配送公司，落地配公司等多种物流资源，创新发展了“二段式配送”物流模式。
　　该模式解决了生鲜电商跨区销售难，生鲜电商商品保鲜难的问题，而且有效的控制了成本。
　　农产品物流标准创新
　　农产品标准化在国外发达国家已经基本普及，如日本在1997年就制定了生鲜食品电子交易标准，欧美国家关于农产品的各种标准更是相对成熟。但在我国在这方面却有很大的差距，且现存的农产品标准多为生产标准，农产品流通的标准存在缺失。快速发展的农产品电子商务为农产品流通标准的完善提供了机会，新型流通模式下众多的网商和服务商用草根的智慧探索并更新着农产品流通的标准，尤其是物流的标准。
　　为了确保消费者对网销农产品的认可，一些大的网商在预售活动中大胆尝试“自订标准”的做法。团购活动对产品进行严格的筛选，对果穗重量、单粒果重、颗粒大小、着色、甜度、农药检测等方面都做了详细的规定，并承诺给消费者。物流配送环节更是仔细琢磨和耐心尝试，创新出一些新的标准，比如在运输过程中如何保证红提果粒不脱落、不被挤压，就测试了“抽真空、套模具”等多种方法，进而形成物流方案。
　　农产品物流载体创新
　　互联网基础设施的普及，云计算、物联网、移动互联网的兴起，农产品流通中的载体发生了巨大变革，尤其是物流的载体，在电子商务的催生下发生了巨大变化。
　　信息化物流网络的建设，使得社会闲置的交通运力融入农产品物流体系成为可能。如云南的城际班车，在由省城昆明发往地州的班车中，其中有一半回程都是闲置的，通过信息化的物流网络，将这部分运力充分利用成为了可能。
　　再如，随着农产品电商，尤其是生鲜农产品电商的兴起，宅配的效率就变得相当关键。如今在北京等城市一些小区中，开始出现生鲜冷藏箱等配套设施，农产品在入箱后，会有二维码发送给消费者，之后凭码开箱。在武汉，电子菜箱已经成为家事易公司生鲜宅配的标准模式。
　　农产品物流载体的创新还体现在冷链物流、仓储等基础设施的改善。2013年，包括青岛、廊坊、昆明、郑州、大同、广安、泰安、西安等多