物流企业(已被认定为交通运输企业或物流辅助企业者，以下统称“物流企业”)采购车辆的用途比较复杂，有的用于行政和办公，有的用于生产经营，还有的商务车参与生产经营，较典型的是一些物流企业，由于货车无法进城(一线大城市居多)，于是该企业改用金杯、依维柯等商务车来配送货物。还有些物流公司有200辆商务车辆，其中190辆参与生产经营。“营改增”后企业购置商务车，进项税额如何抵扣?因各种原因营运车辆提前报废又适用哪些规定?相关的企业所得税如何处理?
一、商务车参与生产经营(货物运输服务)，进项税额如何处理
根据《财政部、国家税务总局关于在上海市开展交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点的通知》(财税[2011]111号)第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：自用的应征消费税的摩托车、汽车、游艇，但作为提供交通运输业服务的运输工具和租赁服务标的物的除外。
按照2009年1月1日起实施的消费税暂行条例，金杯、依维柯轻型客车及系列专用车属于“中轻型商用客车”，应征收消费税。如果物流企业自有的该类车辆是用于非交通运输业务(非生产经营)的，所取得的增值税专用发票一律不得抵扣。如果物流企业该类车辆是用于生产经营(用于交通运输)的，根据财税[2011]111号文件的规定，可以抵扣进项税额。
为了减少涉税风险，企业要有充足的证据说明所拥有的“金杯”、“依维柯”等商务车是用于自身货物运输的，比如车辆行车日志、货物装载原始记录单、驾驶员工作单、运输合同、客户签收单等。同时，企业要将参与货物运输的商务车车牌号和运输合同及时向主管税务机关报告并得到确认。
二、交通运输车辆非正常报废，已抵扣的进项税额如何处理
交通运输企业因车祸导致的整车报废，如何处理已抵扣的进项税额?根据增值税暂行条例和实施细则的规定，非正常损失所抵扣的进项税额要作进项税额转出。因发生车祸而引起的整车报废，是否属于“非正常损失”呢?对此，《财政部、国家税务总局关于印发〈营业税改征增值税试点方案〉的通知》(财税[2011]110号)和财税[2011]111号文件都没有直接的规定，增值税暂行条例实施细则第二十四条规定，增值税暂行条例第十条第(二)项所称非正常损失，指因管理不善造成被盗、丢失、霉烂变质的损失。从税法法理上看，因车祸引起的整车报废，不属于车辆“被盗、丢失、霉烂变质”，因此，不能定义为“非正常损失”。可见，根据目前相关税法规定，因车祸导致的整车提前报废，不作进项税额转出。
三、非交通运输车辆，油费进项税额是否可抵扣
交通运输企业除交通运输车辆外，还有公司拥有产权的员工班车以及高管使用的小汽车等。由于公司班车和小汽车一般都由公司统一加油，并可开具增值税专用发票，对于这类增值税专用发票是否可抵扣进项税额?财税[2011]111号文件第二十四条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：用于适用简易计税方法计税项目、非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物。公司拥有的员工班车和高管使用的小汽车属于“集体福利或者个人消费的购进货物”，不可以抵扣进项税额。
四、变卖自己使用过的车辆的税务处理
根据增值税相关法规，企业拥有的车辆分为已抵扣进项税额和不得抵扣进项税额两类。对于已抵扣进项税额的车辆，《财政部、国家税务总局关于交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点若干税收政策的通知》(财税[2011]133号)第一条规定，按照《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》(财税[2011]111号，以下简称《试点实施办法》)和《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点有关事项的规定》(财税[2011]111号，以下简称《试点有关事项的规定》)认定的一般纳税人，销售自己使用过的2012年1月1日(含)以后购进或自制的固定资产，按照适用税率征收增值税。这里要注意，本条规定的“按照适用税率征收增值税”，指按该企业原采购车辆所抵扣的增值税税率，一般是17%。北京等地“营改增”试点时间晚于上海，各地应以本地国税局文件为准，对变卖车辆进行合法处理。
对于没有抵扣进项税额的车辆，应视同为2011年12月31日之前的固定资产(上海以外的地方以税改时间为准)，可按财税[2011]133号文件规定的“销售自己使用过的2011年12月31日(含)以前购进或者自制的固定资产，按照4%征收率减半征收增值税”。
车辆是物流企业，特别是交通运输企业的核心资产，也是衡量“营改增”试点后物流企业税负的焦点，企业对车辆采购及运营费用进行适当的筹划，可以为物流企业减轻税负，享受“营改增”试点带来的减税优惠。