自中国铁路总公司、国家铁路局成立，我国铁路改革迈出实质性一步。然而，改革是一个循序渐进、持续改进和永无止境的过程。后续的体制改革和机制转换仍然任重而道远。当前，铁路改革最紧迫的议程当属适应市场需求的营销机制和运输组织方式的构筑。适应市场经济要求的有效企业法人治理结构的构建也应在推进中。
构建有效治理结构可以通过运输组织模式改革为契机，以企业化经营文化建设为氛围，以国外铁路发展、改革为借鉴。铁路建设和运营兼具正外部性、公益性和经营性，政府在正外部性和公益性方面应起主导作用；而经营性则说明铁路行业可选择企业化模式来运作。纵观国内外铁路发展史，伴随工业化的发端和发展，铁路是政府介入最多、干预最多、管制最多的行业。无须说十九世纪美国各级政府对铁路建设约73万平方公里沿线土地的转让政策；无须说各国政府对铁路建设的资金支持和金融支持；无须说大部分国家曾经对铁路的国有化阶段，即使是现在，经过了铁路民营化浪潮的世界铁路，仍然有美国客运、日本货运及三岛三个客运公司、俄铁、印铁、欧洲绝大部分线路公司等基本为国有或政府控股，但即使国有，也基本采取相对独立化企业经营的模式。
中国和印度曾经是仅存的两个保持政企合一运作模式的国家。两国铁路经营业绩却不差。尽管如此，随着替代运输方式的兴起，铁路运输市场份额持续下行，政企合一模式最终会带来更高的财政负担、大锅饭和平均主义意识严重、行政本位经营文化盛行等弊病，由此政企分开是铁路改革方向。
虽然我国铁路总体效率很高，但考虑到我国每公里铁路职工数约是美国的27倍、日本的5倍、德国的3倍，则人均效率和总体效益都还有提升空间。我国铁路内部竞争机制还未形成，成为未来铁路改革方向之一。引入民间资本和民营企业进入铁路建设和运营可以成为引入竞争力量的新突破。
当然，我国铁路目前较低的整体收益率决定了引入民间资本或民营企业只能从城际铁路、资源开发线等有稳定预期现金流资产领域开放产权，即需要进行资产剥离、运作或重组，对路网干线需要维持公共控股。同时，中国铁路总公司作为独立法人与18个具有法人地位的铁路运输企业之间的产权、调度权、经营权成为铁路改革的核心内容。针对当前铁路运输面临的严峻形势，由总公司出台过口清算办法成为成本较小的制度安排。同时，总公司对各运输企业进行规范、监督、指导和协调以及跨局运输集中统一指挥、提供统一跨局运输服务平台对于规范运输服务、统一服务标准、提高安全效率都有积极作用。当然，管内运输组织及调度指挥、组织机构人事、开发运输产品、营销运价政策实施、物资采购、资产运营以及计划、财务、劳资、用工等方面的权利和责任应对等地下移到路局企业。争取做到，路局企业自主开发能灵活适应市场需求的运输新产品；自主决定扩大或缩小多元化经营规模；更多管内运输能力调配权；自主设定内部组织结构；自主劳动用工制度试点。