为确保“十二五”开好局、起好步，全面推进水运科学快速发展，部水运局科学谋划，研究制定了2011年10个方面54项工作，内容涉及内河水运、海洋运输、基础设施建设、科技和信息化建设、法规体系建设以及海峡两岸水路交通和国际交流合作等方面。
据悉，2011年，该局将进一步完善船舶市场准入和退出机制，推进方便旗管理制度的完善，壮大国轮船队；加快发展航运金融、保险、咨询等高端航运服务业，积极参与国际交流与合作，提升我国航运在世界的话语权。为提升水路运输服务和保障水平，该局还将加强组织协调和产运需衔接，做好煤炭、矿石、石油、粮食、化肥、抢险救灾等重点物资运输和军事运输；建立健全重点物资运输组织管理制度，加强水运经济运行统计、分析、监测及预警；开展船舶管理市场清理整顿，加强水路运输及辅助服务业年度审核；加强突发事件的预测预警和应急演练，建设国家级危险品事故应急物资及装备储备库基地。