船员职业具有风险性、艰苦性、流动性等特点，由于船舶在航行期间，船员的工作和休息大部分都在船舶上，所以工作时间和休息时间容易混淆，且加班工资也得不到保障。
关于特殊工时问题
航运公司应当按照《关于印发<关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法>的通知》(劳部发[1994]503号)第五条“企业对符合下列条件之一的职工，可实行综合计算工时工作制，即分别以周、月、季、年等为周期，综合计算工作时间，但其平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。（一）交通、铁路、邮电、水运、航空、渔业等行业中因工作性质特殊，需连续作业的职工；（二）地质及资源勘探、建筑、制盐、制糖、旅游等受季节和自然条件限制的行业的部分职工；（三）其他适合实行综合计算工时工作制的职工”的规定，对船员岗位实行综合计算工时，周期一般为一年。
关于加班工资问题
企业应当合理安排工作时间，依法支付加班工资。
航运企业未进行综合计算工时审批时，应按照《国务院关于职工工作时间的规定》第三条“职工每日工作8小时、每周工作40小时”的规定安排工作时间，如果船员的工作时间超过了上述标准，则应按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条“有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬”的规定执行。
航运企业单位进行综合计算工时审批后，应当确保职工平均日工作时间和平均周工作时间与法定标准工作时间基本相同。关于船员的工作时间，航运企业应按照《中华人民共和国海船船员值班规则》（交通运输部令2012年第10号）第一百二十条“除紧急或者超常工作情况外，负责值班的船员以及被指定承担安全、防污染和保安职责的船员休息时间应当满足以下要求：（一）任何24小时内不少于10小时；（二）任何7天内不少于77小时”的规定合理进行安排。由于《中华人民共和国船员条例》未规定加班工资且第七十二条“除本条例对船员用人单位及船员的劳动和社会保障有特别规定外，船员用人单位及船员应当执行有关劳动和社会保障的法律、行政法规以及国家有关规定”，所以若船员平均日工作时间和平均周工作时间超过法定标准工作时间，则用人单位应按照《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定支付加班工资。
企业应当严格执行带薪年休假制度。航运企业应按照《中华人民共和国船员条例》第三十条“船员除享有国家法定节假日的假期外，还享有在船舶上每工作2个月不少于5日的年休假。船员用人单位应当在船员年休假期间，向其支付不低于该船员在船工作期间平均工资的报酬”、《企业职工带薪年休假实施办法》第十七条“船员的年休假按《中华人民共和国船员条例》执行”的规定执行。