仓单质押贷款作为物流与金融结合的主要方式，为中小企业解决融资难问题提供了有效途径，也为银行业带来了新的利润增长点。但对于农村合作金融机构来说，由于各个仓储机构在侧重点和信誉度上的不同，其出具的仓单在制作格式、内容以及操作程序、可靠性上都有很大差异。因此，仓单质押贷款在操作上需更加注意控制风险。
在仓单质押贷款的实际操作中，表面上质押的是仓单，但贷款人银行之所以提供贷款的依据还是仓单所代表着的货物的价值。货物又是由第三方保管的，借款到期债权不能实现时，货物能否提取、由借款人及银行之外的第三方出具的仓单代表的物权能否实现、质押合同能否顺利执行，第三方起着至关重要的作用。仓单质押对于第三方的效力主要体现为协助、保证质押合同的顺利执行。
在普通仓单的质押中，银行一般通过与仓储企业及借款企业签署“三方合作协议”，并与仓储企业签订“协助保证书”来规范各方的行为，从而为质押合同顺利执行提供保证。
防范信用风险
在普通仓单质押贷款的操作中，信用风险是最主要最基础的风险，是指货主企业和第三方企业的资信风险，即关于货物价值和仓单代表的权利的风险。所以，银行在资信考察方面首先要注意考察货主企业和第三方企业的经营能力、经营状况、在行业中所处的位置及其资产负债情况等经济信息。另外，还要注意其所处的信用环境，尤其是其历史履约状况和履约意愿，杜绝与有不良信用记录的伙伴合作。
防范市场风险
市场风险主要是指由于市场价格波动导致的仓单货物损失的风险。防范这个风险要注意从两个方面着手：Bｇyedu.CoM
第一，注意质押商品的选择。不是所有的商品都适合仓单质押，要选择适用广泛、易于处置、价格涨跌幅度不大、性质稳定的商品作为仓单质押商品。
第二，注意仓单代表价值的足额与充分。由于评估机构的资质及信誉问题，仓单质押货物评估价值中会有泡沫，质押货物价值也会因市场价值的变化而导致质物的不足额不充分。因此，银行一定要选择资质好、信誉佳、水平高的评估机构。同时要有专门负责人适时披露风险点，对损失严重的质物要求增加足额充分的担保。
防范法律风险
法律风险主要是指由于不能满足或违反法律要求导致银行发生法律纠纷而带来的风险。防范法律风险要做到留置权不应优先于质权。根据我国《担保法》和《合同法》规定，仓储合同的保管人对保管货物享有留置权，而该留置权优先于质权的行使，因此当货主与仓储机构发生费用纠纷，仓储机构行使留置权时就可能影响到银行质权的实行。银行可与仓储机构在协议中约定留置权的行使不应优先于质权.
此外，银行还要注意质物来源的合法性，不合法货物的质押是无效的，尤其是对于走私及违禁物品要及时举报。
防范操作风险
在实际操作中，我国使用的普通仓单形式很不统一，效力和作用也有一定的差异。因此，银行首先要注意对仓单格式和内容进行要求，使用固定的格式统一印制，同时派专人对仓单进行管理，与仓储机构达成统一认识，以防止出现伪造或无效仓单，也可避免一些仓储机构以入库单为仓单，而以提货单为提货凭证所带来的风险纠纷。
其次，还应注意质押仓单背书的必要性。仓单质押一般要求出质人在仓单上背书，虽然仓单不背书不影响质押合同的效力，但我国最高人民法院《关于适用担保法若干问题的解释》第98条规定：“以汇票、支票、本票出质，出质人与质权人没有背书记载‘质押’字样，以票据出质对抗善意第三人的，人民法院不予支持。”第99条规定：“以公司债券出质的，出质人和质权人没有背书记载‘质押’字样，以债券出质对抗公司和第三人的，人民法院不予支持。”因此，在实际操作中，仓单质押除签订书面质押合同外，在仓单上进行背书是必要的。