集装箱进口货运作业程序主要有：
1、传递货运单证
以往主要由出口港在船舶开航后，寄送货运单证至到达进口集装箱管理部门，现在我国主要集装箱码头，已开始采用单证EDI来完成。
2、集装箱卸船准备
船舶抵港前几天，船公司或其代理人应将下述单证送交码头业务部门，
① 货物舱单（Cargo Manifest）；
② 集装箱清单（Container Loading List）；
③ 积载图（Stowage Plan）；
④ 集装箱装箱单（Container Load Plan/CLP）；
⑤ 船舶预计到港通知书；
⑥ 装船货物残损报告；
⑦ 特殊货物表。
码头堆场根据这些单证，结合码头实际情况，安排卸货准备，并制订出集装箱卸船计划、堆场计划、交货安排等。
3、卸船与堆放
码头堆场根据制订的卸船计划、堆场计划从船上卸下集装箱，堆放到堆场指定的箱位，应注意以下事项：
① 空箱与重箱应分开堆放；
② 了解重箱内货物的详细情况；
③ 是否要安排中转运输；
④ 在码头堆场交货，还是在货运站交货；
⑤ 预定的交货日期。
4、交货
根据不同的交货对象，主要业务有：
① 交付给收货人：当收货人或其代理人前来提取集装箱时，应出具船公司或其代理人签发的提货单，经核对无误后，码头堆场将集装箱交给收货人或其代理人。交货时，码头堆场和收货人双方在交货记录上?>
② 交给集装箱货运站：如系拼箱货，则由集装箱货运站从码头堆场上将签发的提货单到货运站提货，经货运站核对无误后，即可交货，双方并在交货记录上签字交接。
③ 交给内陆承运人：如集装箱原封不动运往内地交货地点，码头应与船公司或其代理取得联系后，把集装箱交给内陆承运人。如海上承运人责任终止于码头堆场，则以交货记录进行交接；如内陆承运人作为海上承运人的分包承运人，海上承运人则对全程运输负责，码头堆场和内陆码头堆场在将集装箱交给收货人时，应查核货物是否发生了保管费。提出货物丢失或损坏要求赔偿的依据；如发生收货人不按时提货，应编制未交货报告送交船公司，由船公司劲提货。